Während des Zweiten Weltkriegs war eine Reihe von Industriezweigen in Dundee für die Kriegsanstrengungen von Bedeutung. Die Juteindustrie, die zuvor die lokale Wirtschaft dominiert hatte, hatte in den 1930er Jahren schwer gelitten. Der Krieg gab der Industrie jedoch einen vorübergehenden Aufschwung, da das Material für die Herstellung von Sandsäcken sehr gefragt war. Auch die Schiffbauindustrie war wichtig, und die Caledon-Werften waren während des gesamten Krieges stark beschäftigt. Die Werft rüstete zu Beginn des Krieges zwei polnische U-Boote um und baute eine Reihe von Fregatten der Castle- und Loch-Klasse sowie eine Reihe von Handelsschiffen.
deutung wurde angenommen, dass Dundee ein offensichtliches Ziel für die Luftwaffe sein würde. Glücklicherweise kam Dundee jedoch relativ unbeschadet davon, und die Stadt selbst wurde nur vierundzwanzig Mal bombardiert.
Dundee spielte auch im Seekrieg eine wichtige Rolle, denn die Stadt beherbergte einen großen U-Boot-Stützpunkt der Royal Navy, die HMS Ambrose. Folglich waren Seeleute ein wichtiger Bestandteil der Kriegsszene in Dundee, und sie kamen nicht nur aus Großbritannien und seinem Empire, sondern auch aus Frankreich und Norwegen.
Viele Männer und Frauen aus Dundee dienten während des Krieges in den Streitkräften, und die Stadt hatte viele Verluste zu beklagen, aber viele erhielten auch Auszeichnungen für ihre Tapferkeit. Zu ihnen gehörte Wing Commander Gordon Hugh Malcolm, der für seinen Einsatz in Nordafrika mit dem ersten VC der RAF ausgezeichnet wurde.